Na długo przed powstaniem w Klubie oficjalnej sekcji motorowej, już w latach 1952–1953 Stanisław Kanas dwukrotnie wywalczył srebro w mistrzostwach Polski w klasie motocykli 250 cm³.
Wojskowa Sekcja Motorowa Czerwone Berety Kraków powołana została rozkazem dowódcy WOW z dnia 25 maja 1966 roku i zlokalizowana przy jednostce wojskowej 3454. Sekcja w pierwszym roku istnienia oparła swoją działalność na rajdach motocyklowych, natomiast w 1967 roku szczególny nacisk położono na motocross. Zawodnicy sekcji rekrutowali się głównie z żołnierzy i to już doświadczonych w tego rodzaju sporcie, stąd też WKS Wawel dominował w rywalizacji krajowej. W latach 1966–1972 najlepszymi zawodnikami sekcji byli wielokrotni medaliści i mistrzowie Polski: Tadeusz Musiał, Janusz Temecki, Józef Rewerelli, Wilhelm Jugowski, Andrzej Olszewski, Janusz Patyczek i Ryszard Szadujko. Ich indywidualne sukcesy przekładały się na zespołowe, i tak WKS Wawel już w pierwszym roku istnienia sekcji wywalczył drużynowy tytuł mistrza Polski. Tadeusz Musiał i Wilhelm Jugowski dwukrotnie zajmowali 2. miejsce w konkurencjach na najlepszego rajdowca Polski.
Na początku 1967 roku nastąpiło połączenie WSM Czerwone Berety Kraków z WSM Drwęca Ostróda w jedną sekcję WSM Czerwone Berety-Wawel Kraków, której zadaniem było reprezentowanie WOW na imprezach motorowych. W odróżnieniu od poprzedniego roku, główny nacisk został położony na dyscyplinę crossową z uwagi na konieczność przygotowania reprezentacji na Spartakiadę Wojska Polskiego. Sekcja jako jedyna w Krakowie specjalizowała się w motocrossach, co w 1968 roku zaowocowało zdobyciem przez Kraków tytułu mistrza i wicemistrza Polski, a sama sekcja zajmowała 3. miejsce w Polsce. Wywalczyła również drużynowe mistrzostwo Strefy Południowej Polski w rajdach i mistrzostwo Wojska Polskiego w motocrossie.
W czasie swego istnienia sekcja była również wielokrotnie organizatorem różnych imprez sportowych, m.in.: Międzynarodowego Motocrossu w Nowej Hucie, Rajdu Oldbojów i Działaczy oraz eliminacji: Rajdowych Mistrzostw Polski w Nowym Targu, wojewódzkich o Puchar Polski w Wieliczce czy Crossowych Mistrzostw Strefy Południowej. Ze względu na mały związek sekcji z Krakowem (rola Klubu ograniczała się jedynie do nadania jej osobowości prawnej oraz rozliczania finansowego działalności) decyzją władz wojskowych rozwiązano ją w Wawelu w 1973 roku.
Wśród dokumentów klubowych można znaleźć informację o jeszcze jednej sekcji – motorowo-turystycznej, założonej w 1957 roku, która jak można wywnioskować z lakonicznej notatki, mogła być sekcją rekreacyjną, niekoniecznie działającą ściśle wyczynowo. Oddział prowadzony przez Stefana Rybiałka (początkowo przez mjr. Kolarza), rekrutował się z pracowników Fabryki Wyrobów Blaszanych, którzy posiadając własne motory zasugerowali utworzenie takiej sekcji w Klubie. Oddział był samodzielny finansowo i wziął udział w dziewięciu rajdach na własnym sprzęcie.
Oprac. na podst.: Wojskowy Klub Sportowy Wawel 1919-2019: publikacja jubileuszowa. – Kraków, 2019.