Początki sportów wodnych w Wawelu sięgają lat trzydziestych ubiegłego wieku – w 1931 roku do Klubu przyłączono sekcję kajakową, a kilka lat później zaczęły pojawiać się informacje o osiągnięciach także w pływaniu. Przed wojną sekcja skupiała prawdopodobnie tylko żołnierzy, gdyż źródła nie podają informacji o wynikach zawodników cywilnych. Sekcja pływacka w Wawelu powstała w celu upowszechniania pływania jako sportu masowego. Zimą ćwiczono na basenie YMCA, a później przeniesiono się do basenu Szkoły Podchorążych. Kierownikiem sekcji był płk Muzyka.
Pierwsze wzmianki o osiągnięciach tej sekcji pojawiły się w 1936 roku i dotyczyły wyników osiągniętych w mistrzostwach armii oficerów i podoficerów zawodowych, które odbyły się w Poznaniu. W zawodach wystartowało ponad pięćdziesięciu zawodników z ośmiu okręgów i marynarki wojennej. Tytuł mistrza armii zdobył OK V Kraków, uzyskując w ogólnej punktacji 57 punktów. Na 6 rozegranych konkurencji, reprezentanci OK V występujący w barwach WKS Wawel, wygrali 4 konkurencje, przy czym bohaterem mistrzostw był por. Jabłoński, zwycięzca biegów na 100, 300 i 1000 m stylem dowolnym. Drugi zawodnik WKS Wawel por. Boguszewski wygrał ciężki bieg 50 m stylem dowolnym w ubraniu i obuwiu oraz wywalczył brązowy medal na dystansie 200 m stylem dowolnym. W innych zawodach garnizonowych, które odbyły się na krytej pływalni YMCA w Krakowie reprezentanci Wawelu znów zdominowali podium.
Sekcja pływacka wznowiła działalność w latach pięćdziesiątych. W 1950 roku zakończył się remont odkrytego basenu przy ul. Bronowickiej, który Klub udostępnił publicznie, dzięki czemu Kraków zyskał drugi odkryty basen. Kierownikiem sekcji pływackiej w tym czasie był Wacław Kowalski, który został skierowany do OWKS Kraków jako oficer WF tuż po ukończeniu WSWF (dzisiejsza AWF). Największe sukcesy sekcja święciła w latach 1952–1953, kiedy to waterpoliści i pływacy zdobywali medale mistrzostw Polski, a wśród zawodników mieliśmy olimpijczyka z Helsinek Gotfryda Gremlowskiego.
W 1952 roku piłkarze wodni w meczu, który przeszedł do historii, wywalczyli mistrzostwo Polski zwyciężając CWKS Legia Warszawa 3 : 2. Przy stanie 2 : 2 kilka sekund przed końcem meczu decydującą bramkę zdobył Gotfryd Gremlowski. Dzięki temu zwycięstwu Wawel zajął pierwsze miejsce w lidze przed Legią i Gwardią Katowice. Rok później piłkarze wodni wywalczyli wicemistrzostwo Polski, przegrywając z tym samym klubem 3 : 1. W pływackich mistrzostwach Polski Gotfryd Gremlowski rok po roku zdobywał tytuły mistrzowskie, okraszając je w latach 1952–1953 pięcioma rekordami Polski. W latach 1953-1954 roku medale w pływaniu wśród kobiet zdobyła Grzeszczyk, a także Piotr Kuklok, Leon Kraska, Jaśkiewicz, Oskar Brzęczek i Franciszek Szołtysek oraz Kapłocz w skokach z trampoliny. Sekcja została rozwiązana w 1959 roku.
Oprac. na podst.: Wojskowy Klub Sportowy Wawel 1919-2019: publikacja jubileuszowa. – Kraków, 2019.