Sekcja kajakowa powstała w 1931 roku, kiedy to do WKS Wawel, jako Oddział Wodny, dołączyło piętnastu członków KKW-29 (Kolejowego Klubu Wodnego powstałego w 1929 roku), którzy dodatkowo wnieśli także osiem kajaków – składaków. Z chwilą dołączenia do WKS Wawel Oddział Wodny przystąpił również do Polskiego Związku Kajakowego. Sekretariat sekcji mieścił się przy ul. Św. Filipa 12/7 w Krakowie.

Rok 1932 przyniósł rozwój Oddziału, sekcja liczyła już trzydzieści cztery osoby, ale w dalszym ciągu miała charakter bardziej turystyczny niż sportowy, dzięki czemu wywalczyła 1. miejsce za największy przepłynięty średni kilometraż wśród wszystkich klubów zrzeszonych w PZK.

W 1933 roku oddział liczył już sześćdziesięciu sześciu członków, a zarząd wybrany na Walnym Zebraniu został znacznie poszerzony. PZK uznając oddział za najsilniejszy i najlepiej zorganizowany klub kajakowy, powierzył mu, w uznaniu jego osiągnięć, misję przygotowania pierwszych kajakowych mistrzostw Polski. Duszą wszystkich prac był prezes Oddziału Kajakowego WKS Wawel inż. T. Rżąca. Zawody te odbyły się 23 lipca i wbrew przewidywaniom okazały się sporym sukcesem – do kontroli technicznej stanęło siedemdziesiąt kajaków. Zawody zdominował Klub Kanuistów z Katowic, ale zawodnicy Wawelu również zaznaczyli swoją obecność – wywalczyli łącznie trzy medale – dwa srebrne i jeden brązowy.

1934 rok przyniósł dalszy rozwój sekcji, która liczyła aż dziewięćdziesiąt sześć osób. Oddział pod tym względem należał do pierwszych w Polsce, był najaktywniejszy w wyczynie i turystyce. W maju odbyły się I Międzynarodowe Górskie Mistrzostwa Polski na Dunajcu, które odbyły się w formie regat górskich – trasa biegła Dunajcem od Nowego Targu przez Szczawnicę do Nowego Sącza. Poza reprezentacją Polski startowali jeszcze Austriacy, Niemcy i Czechosłowacy – łącznie czterdzieści jeden osad. Obcokrajowcy dysponowali dużo lepszym sprzętem, który pozwalał im na osiągnięcie znacznej przewagi nad Polakami. Jednak reprezentacja Wawelu nie zawiodła i wywalczyła trzy medale. W kolejnych w tym roku mistrzostwach Polski, które odbyły się w lipcu w Warszawie, reprezentanci Wawelu wywalczyli pierwsze w historii Klubu tytuły mistrzów Polski: osady Sołtys–Kielor i Przybylski–Dziewiński oraz Przybylski w jedynkach. Brązowy medal wywalczyła osada Lis–Patyk. Nagrodę „Jesiotra”, ufundowaną przez Polski Związek Kajakowy, zdobyła osada WKS Wawel Sołtys–Kielor. W Kajakowych Mistrzostwach Krakowa, które odbyły się jesienią, wysoką formę potwierdzili Sołtys–Kielor oraz Przybylski–Dziewiński zdobywając złote medale, pozostali zawodnicy jak Lis–Patyk, Gablankowski czy Jachimowicz również zajęli miejsca na podium.

W roku 1935 oddział nadal zajmował czołowe lokaty zarówno w konkurencjach turystycznych, jak i w wyczynowych. Liczba członków wzrosła do stu dziesięciu. Był to owocny sezon, do sukcesów należy zaliczyć tytuły mistrzów Polski zdobyte przez Nowaka w jedynkach składanych wyścigowych na 10 km oraz dwójki Przybylski i Kielor, którzy królowali na dystansie 1 km. W 1935 roku Wawel zwyciężył w klasyfikacji klubowej Polskiego Związku Kajakowego. Sklasyfikowano trzydzieści dwa kluby, a Wawel zdobył 97 punktów, wyprzedzając o 43 punkty TG „Sokół” Grudziądz, zdobywając tym samym nagrodę przechodnią – srebrną plakietę ufundowaną przez kapitana związkowego dr. Bolesława Lustra.

Oddział słynął również ze swojej rozległej i ciekawej działalności. Reporter „Sportu Wodnego” pisał z wyraźnym uznaniem: W nadchodzącym sezonie przygotowuje Oddział szereg ciekawych imprez tak sportowych, jak i turystycznych. Do najciekawszych należeć będą Międzyklubowe Mistrzostwa Wawelu oraz organizowany po raz pierwszy w Polsce Maraton kajakowy na dystansie 193 kilometrów. Z imprez turystycznych wymienić należy szereg obozów wędrownych na Jeziorach Augustowskich, na Bracławszczyźnie, na pojezierzu Kaszubskim i na Pińszczyźnie. Na powyższe imprezy zapewnia Oddział – swym Członkom – wybitne ulgi przejazdowe i kwaterunkowe.

W czerwcowych Międzynarodowych Mistrzostwach Polski, które odbyły się w formie wyścigu górskiego, po dwóch dniach zawodów w jedynkach mężczyzn Wilhelm Sołtys utrzymał srebrny medal, a osada Przybylski–Kielor również mistrzostwo Polski w dwójkach. W lipcu, w Poznaniu na jeziorze Kiekrz, odbyły się III Kajakowe Mistrzostwa Polski, w których wystartowało stu trzydziestu wioślarzy w osiemdziesięciu kajakach. Zawody miały tragiczny przebieg – już w pierwszym wyścigu, wskutek bardzo ciężkich warunków (wyjątkowo silny wiatr) kajak Karola Kremera i Czesława Nowaka przewrócił się i zanim dotarła pomoc, zawodnicy zginęli. Jak donosił „Raz, Dwa, Trzy” w nr 29 z 16 lipca 1935 roku: wydarzyło się więcej wypadków, jednakowoż wszystkich zawodników udało się uratować. Zawodnicy jednej z łodzi topili się nawet ośmiokrotnie […]. Wawel wywalczył trzy medale – dwukrotnie złoto zdobyli Przybylski– Kielor oraz Nowak, z kolei Dziewiński–Majcher zdobyliby srebrny medal, ale w ich konkurencji nie rozegrano mistrzostw, ponieważ wystartowały mniej niż cztery kajaki.

Następny rok 1936 właściwie niczym się nie różnił się od poprzedniego, kajaki turystyczne przepływały dziesiątki tysięcy kilometrów, a zawodnicy zdobywali na zawodach najczęściej pierwsze i drugie miejsca. Jedna z osad Wawelu była nawet brana pod uwagę przez Polski Związek Kajakowy do startu w igrzyskach olimpijskich, których gospodarzem był Berlin.

Rok 1937 stanowił wstrząs dla członków oddziału kajakowego Wawelu. Ta tak wspaniale rozwijająca się i dobrze rokująca sekcja została niespodziewanie rozwiązana jednym pociągnięciem pióra. W roku tym uchwalono nowy statut KS Wawel, który uzależnił członkostwo w klubie od czynnej służby wojskowej. Wielu członków Oddziału Wodnego przeszło do Towarzystwa Urzędników Miejskich. Tylko najstarszym trudno było pogodzić się z wizją rozłąki i całą grupą przeszli do Ligi Morskiej i Kolonialnej.