W ciągu 100 lat istnienia Klubu w jego strukturach funkcjonowało wiele sekcji. Dziś, o jednych wiadomo tylko tyle, że istniały, o działalności innych udało się znaleźć bardzo niewiele informacji nawet w oficjalnych dokumentach klubowych. Niektóre z nich nie prezentowały na tyle wysokiego poziomu, aby zaistnieć w Klubie na dłużej – przykładem może być sekcja tenisa stołowego, o której wiadomo tylko tyle, że w 1952 roku jej reprezentanci wywalczyli drużynowe mistrzostwo okręgu, w roku 1958 grali w okręgowej klasie A, a 16 sierpnia 1960 roku podjęto decyzję o jej rozwiązaniu. Niektóre sekcje były filiami Klubu w innych miejscowościach np. narciarstwo czy saneczkarstwo. A powstanie niektórych, jak sekcji kulturalno-oświatowej działającej pod koniec lat pięćdziesiątych pod kierownictwem pana Sroczyńskiego, było wymuszone trudnymi realiami, w jakich funkcjonował Klub. Wiadomo też, że w latach trzydziestych pod kierownictwem p. Mądrego działała sekcja dramatyczna. Była ona czynna głównie w zimie, dając przedstawienia nawet na prowincji. Judo powstało jako typowo wojskowa sekcja z aspiracjami do poziomu wyczynowego, którego nigdy nie osiągnęło. O sekcji szachowej wiadomo tylko, że istniała przed wojną, a o brydżowej, że została zlikwidowana w 1958 roku i ponownie reaktywowana w 1995 na wniosek oficerów KOW.

W skład sekcji brydżowej weszło czternastu zawodników w dwóch drużynach, w tym trzech posiadających tytuły mistrzów międzynarodowych i ośmiu mistrzów krajowych. W 1997 roku pierwsza drużyna awansowała do II ligi, gdzie startowała z powodzeniem, a w 1999 roku dwie pary, bez znaczących sukcesów, wzięły udział w Mistrzostwach Europy Par. Pierwsza wzmianka o sekcji narciarskiej pojawiła się w „Kurierze Sportowym” z 19 lutego 1929 roku, przedstawiała zdjęcie grupy osób na nartach i podpis: Do rzędu naszych towarzystw narciarskich przybyła w ciągu bieżącej zimy sekcja sportów zimowych Wojsk. Klubu Sportowego Wawel, której członków przedstawia nasze zdjęcie. Niestety, nazwisk zawodników nie podano. Kolejną informacją, jaką udało się odnaleźć, była notatka w sprawozdaniu klubowym mówiąca o tym, że 1 stycznia 1956 roku na Dużej Krokwi w Zakopanem odbył się tradycyjny noworoczny konkurs skoków, który rozegrano w trzech oddzielnie punktowanych seriach. Bezapelacyjnie zwyciężył Furman, który w każdej serii oddał najdłuższy i najwyżej oceniony skok. W mistrzostwach Polski, które odbyły się w Szczyrku (konkurencje alpejskie) i Szklarskiej Porębie (konkurencje klasyczne) tytuły mistrzów Polski wywalczyli: wśród kobiet Grochowska w slalomie gigancie i zjeździe, wśród mężczyzn Gogulski (slalom specjalny), Ciaptak-Gąsienica (slalom gigant) i Roj-Gąsienica w zjeździe.

Sekcja podnoszenia ciężarów działała na początku lat pięćdziesiątych, a jej zawodnicy, wielokrotni medaliści i rekordziści Polski, należeli do czołówki w kraju. Istniała w czasach, kiedy Wawel funkcjonował jako OWKS i jej zawodnikami byli głównie żołnierze, którzy odbywali w naszym Klubie dwuletnią służbę wojskową. Dzięki temu w 1952 roku na Igrzyskach Olimpijskich w Helsinkach wystartował Czesław Białas, którego macierzystym klubem była Stal Szopienice. Od 1951 do 1953 roku ciężarowcy wywalczyli osiem tytułów mistrzów Polski (Cop, Petrak, Białas i Pośpiech) i pobili pięć rekordów Polski (Białas i Pośpiech). Ponadto reprezentanci sekcji wywalczyli jeszcze tytuł wicemistrzowski (Odzieniec) i medale brązowe (Cop i Dospecki). W 1960 roku pojawił się pomysł reaktywowania sekcji podnoszenia ciężarów, która znów byłaby sekcją typowo wojskową, ale nie doszedł on do skutku.

W 1960 roku narodziła się koncepcja utworzenia sekcji judo, która byłaby sekcją wojskową działającą pod egidą Wawelu. Od pomysłu do jego realizacji minęło jedenaście lat i tak w 1971 roku w Klubie oficjalnie zadebiutowała nowa dyscyplina. Planowano, że do 1977 roku znajdzie się w II lidze, a rekrutować się będzie początkowo z żołnierzy z 6 PDPD, a następnie z młodzieży. Zakładano, że szkolenie będzie odbywało się w jednej grupie seniorów i dwóch grupach młodzieżowych. Jeszcze w sprawozdaniu za 1974 rok pisano o kilku rokujących zawodnikach, jednak ze względu na brak możliwości zapewnienia ciągłości treningów w odpowiednich warunkach nie udało się utrzymać odpowiedniego poziomu sportowego. Zakupiono nawet specjalną matę treningową, jednak ze względu na problemy lokalowe (brak własnej hali treningowej i korzystanie z hali Jednostki Wojskowej 2250, gdzie brakowało niezbędnych judokom urządzeń), wciąż nie udawało się prowadzić regularnego szkolenia. W 1975 roku sekcja liczyła siedemdziesięciu dziewięciu członków (w tym siedemdziesięciu siedmiu zawodników), a zespół szkoleniowy stanowili trenerzy: Franciszek Hapek, Kamil Jaderny, Wiesław Jałocha i Stanisław Sterkowicz. Ostatecznie z powodu braku wyników i możliwości rozwojowych została rozwiązana.